我院家禽遗传育种团队构建首个鹅多组学在线数据库
【摘要】GMD能够通过统一界面实现基因信息的便捷搜索、分析和可视化,提供对表型性状、基因序列、结构、表达谱、基因组变异、基因家族、同源性和共线性的深入见解。

为填补高通量测序数据集在线整合、分析平台的空白,我院家禽遗传育种团队构建了首个鹅多组学数据库(Goose Multi-omics Database,以下简称GMD)。GMD能够通过统一界面实现基因信息的便捷搜索、分析和可视化,提供对表型性状、基因序列、结构、表达谱、基因组变异、基因家族、同源性和共线性的深入见解。此外,GMD还集成了强大的分析工具,如GBrowse和BLAST,可通过http://goosedb.com/访问。

作为一个多功能且直观的在线存储库,GMD可有效探索和分析与鹅相关的基因组数据。在“基因组”模块中以图形方式可视化了基因组结构,展示基因组的结构特征和基因分布,使用户能够直观地了解基因组的结构和编码基因的分布。在“转录组”模块中,研究人员可以定位基因在鹅基因组中的染色体位置、分子长度和标识符(基因ID)。此外,该模块还揭示了这些基因的结构组成及其mRNA序列。该模块通过示意图、柱状图和详细的定量分析,丰富了这些数据,展示了不同鹅组织中的基因表达情况。在变异与表型模块中,我们利用全基因组关联分析(GWAS)技术系统性地将个体表型数据与基因组数据相关联,为鹅的育种和性状改良提供了重要的信息支持。用户可以直观地观察不同类型变异在染色体上的分布。

该研究获得国家重点研发计划(2023YFD1300300)、国家水禽产业技术体系重庆综合试验站(CARS-42-51)和重庆市自然科学基金(CSTB2022NSCQ-MSX0434)等项目资助,研究结果近期将发表在Poultry Science(中科院一区Top期刊,中国卓越计划领军期刊,IF=3.8)。

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图 本研究技术路线

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