【摘要】研究发现,HFD显著影响鹅肝脏组织的染色质区室重组,改变了约23.80Mb的染色质区域(2.42%)。
为研究鹅肝脏组织脂肪变性耐受和易感等特性,我院家禽遗传育种团队与四川农业大学李明洲教授课题组合作,以饲喂HFD18天的成年天府肉鹅肝脏组织和饲喂HFD 112天的成年昆明小鼠的肝脏组织为研究对象,通过生理生化指标检测及多组学(Hi-C、ChIP-Seq和RNA-seq)数据分析,筛选鹅的三维基因组结构特异性调控脂质代谢和肝脏疾病相关基因(图1)。
研究发现,HFD显著影响鹅肝脏组织的染色质区室重组,改变了约23.80Mb的染色质区域(2.42%)。染色质区室Compartment A转变B涉及148个基因主要与能量代谢相关;相反,当Compartment B转A时的123个基因主要参与代谢过程和免疫反应。在启动子-增强子互作分析中,HFD组与能量代谢和细胞分化相关的基因RPS值显著增高,而与疾病相关的基因RPS值显著降低。跨物种研究发现,鹅和小鼠在脂类代谢、免疫通路及肝病(NAFLD和HCC)相关基因的三维结构调控存在差异。
本研究首次利用Hi-C技术构建鹅肝脏组织染色质互作图谱,揭示其三维基因组结构对脂质耐受性与易感性的影响,处于该领域的研究前沿。该研究获得国家重点研发计划(2022YFF1000100和2023YFD1300012)和国家自然科学基金(32225046)等项目资助,研究结果已发表在Journal of Animal Science and Biotechnology (中科院一区Top期刊,中国卓越计划领军期刊,IF=6.3)。
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