土壤微生物群落是在生物和非生物因素的综合调控作用下，一定面积或体积的土壤中的病毒、细菌、放线菌和土壤藻类等构成的生物群体。其区系组成、种群数量、生物活性等与土壤类型、植被、气候等密切相关，而人、鸡、猪粪便则能为土壤微生物群落提供良好的生长条件。

本研究旨在解决抗生素抗性基因（ARGs）在人类、动物和环境间的传播问题，这对于评估抗微生物抗性（AMR）对公共卫生的威胁至关重要。抗生素抗性的不断进化对临床管理和预防细菌感染提出了越来越大的挑战，因此，了解抗性基因的组成和准确量化ARGs的当前丰度成为当务之急。

本研究综合分析中国不同省份的人类、鸡、猪粪便和土壤微生物组中细菌群落组成、ARGs和毒力因子（VFs）的分布和多样性。核心关键技术包括宏基因组测序和生物信息学分析，通过与CARD数据库比对识别ARGs。本研究揭示了多药耐药性在所有样本中的普遍性，且ARGs与特定细菌类群存在显著相关性，尤其是在土壤样本中。研究解决了如何通过筛选ARGs子集作为指标，以高精度评估样本中的ARGs污染水平问题，展现了在ARGs污染评估方法上的先进性。相关研究结果发表于《Science of the Total Environment》（中科院一区TOP期刊，影响因子8.2）。

该研究由国家重点研发计划（2023YFD1300400和2022YFF1000100）、国家自然科学基金（32225046和U22A20507）等项目支持，显示了国家层面对抗生素抗性研究的重视和支持。通过这些项目的资助，研究团队能够深入分析ARGs的分布和多样性，为公共卫生安全和食品安全提供了科学依据，对于制定相关政策和干预措施具有重要意义。