抗菌肽药物研发中心是2018年由国家饲料工程技术研究中心、重庆市畜牧科学院、重庆荣昌高新技术产业开发区管理委员会三方合作成立的新型研发机构。该中心的主要任务是针对我国饲料停抗后带来的畜禽生产性能下降、死亡率增加、生产效益大幅降低等问题，利用抗菌肽的抗菌活性和免疫调节功能，筛选性能优良的抗菌肽表达菌株，建立高效表达系统，研究发酵工艺及分离纯化技术，创制安全、无毒、无残留的饲用和治疗用抗菌肽产品，建立畜禽替抗应用技术。中心建有微生物筛选与菌种改造实验室、液态发酵中试基地、产品效果评价动物试验基地等研发平台。现有科研人员16人，其中柔性引进院士1人，博士4人，硕士8人。