国家动物疫病重庆观测实验站依托重庆市畜牧科学院建立，于2017年开始试运行，2019年7月8日农业农村部办公厅正式确定国家动物疫病重庆观测实验站为第二批国家农业科学观测实验站（农办科〔2019〕28号），地址位于重庆市荣昌区昌州街道昌龙大道51号。其依托单位系公益一类畜牧科研事业单位，是重庆市畜牧科学创新中心、国际合作中心和高级科技人才培养基地。
  实验站共有固定编制15人，其中正高级职称7人，副高级职称6人，博士4人，硕士5人，本科6人。
  实验站拥有400㎡的实验室（包括：80 ㎡的P2实验室、80 ㎡的PCR标准检测实验室、240 ㎡的普通实验室）、50㎡的微生物资源保存库。其中，P2实验室、PCR标准检测实验室、微生物资源保存库是实验站监测专用。拥有全套的病原学检测、血清学检测、细胞培养、病毒分离与鉴定设备，包括：数字PCR、荧光定量PCR、全自动ELISA工作站、全自动核酸工作站、数字电泳仪、共聚焦显微镜、活细胞工作站等科研设备共计80台（套）。
  实验站主要承担了动物重要疫病、人兽共患病病原变异、细菌性病原和耐药性、重点防范的养殖动物外来病监测4项任务。监测动物疫病包括新城疫、禽腺病毒4型、禽沙门氏菌、大肠杆菌NDM-1耐药、猪伪狂犬、猪瘟、蓝耳病、圆环病毒3型、戊型肝炎、非洲猪瘟、羊蓝色病等）。监测范围覆盖重庆市9个区县，100余个养殖场，每年向国家动物疫病数据中心提交监测数据6600个以上。