重庆市畜牧科学院三峡分院是由重庆市畜牧科学院、云阳县人民政府、重庆亿口鲜实业有限公司于2010年6月联合组建的科技开发型研究院，办公场所位于云阳县畜牧发展中心。

开展牛羊良种引进培育、牛羊胚胎移植及产业化示范、规模养殖粪污无害化处理、牧草快繁、饲草料资源开发利用、疫病防控及疫苗研发等研究。为现代畜牧业又好又快地发展提供技术支撑和智力支持，并辐射渝东北和三峡库区等区县。